1937년 광주지목구가 설립된 후 골롬반회의 전남지부 총책임자였던 임오웬 몬시뇰이 지목구장이 되면서 몬시뇰이 머물렀던 산정동(목포) 골롬반회 건물에서 교구 업무가 시작되었다.

교구 설립초기에는 지금과 같은 체계적인 구조가 아니었고 1983년 11월 이상철 신부가 교구 총대리로 임명되고 12월 교구 인사발령에 의해 사무처장을 겸직하면서 교구 기구와 업무 분장이 체계적으로 확정되어 오늘에 이르고 있다.

현재 광주대교구청은 1처 5국(사무처, 관리국, 사목국, 성소국, 청소년사목국, 사회사목국)으로 구성되어 있으며, 교구장 사목비전에 따라 교구 전체의 행정 및 사목활동을 계획하고 실천하는 기구로서 현재 제9대 교구장 김희중 대주교를 보필하고 있다.